Departemen Pekerjaan Umum
Sebagai departemen teknis, Departemen Pekerjaan Umum (DepPU) bertanggungjawab atas pembangunan pengairan, jalan dan jembatan, air bersih dan sanitasi, dan tata ruang. Di bawah Kabinet Persatuan (2004-2009), organisasinya tengah direkstruktirisasi. Selain fungsi penetapan kebijakan, Dep PU juga menerbitkan dan mempublikasikan regulasi teknis, yang mencakup Norma, Standar, Pedoman, dan Manual (NSPM). Produk-produk in digunakan sebagai referensi dan acuan bagi pembangunan bidang pekerjaan umum, agar praktik-praktik yang baik diterapkan di semua proyek-proyek pekerjaan umum.

DepPU telah membentuk Badan Pendukung Sistem Pengendalian Air Minum yang mempunyai fungsi memberi rekomendasi kebijakan kepada Menteri PU dalam pengembangan penyediaan prasarana air bersih.

Departemen Keuangan
Departemen Keuangan (DepKeu) berkenaan dengan pembangunan penyediaan air bersih merupakan pemilik dari seluruh aset yang ada di bawah PDAM yang menerima bantuan pendanaan melalui pinjaman luar negeri atau penyertaan pemerintah. PDAM-PDAM ini diwajibkan membayar kembali pinjaman kepada DepKeu. Setiap pengalihan aset atau  pemusnahan aset harus mendapatkan izin (persetujuan) dari DepKeu. DepKeu melalui Direktorat Jenderal Anggaran bertanggungjawab atas pengalokasian anggaran untuk pembangunan proyek-proyek sektoral dan melalui Direktorat Jenderal Lembaga Keuangan mengelola perjanjian penerusan pinjaman, dimana pemerintah daerah dan BUMD-nya (seperti PDAM) dapat meminjam dana yang disediakan melalui bantuan pendanaan eksternal di tingkat pusat.

Departemen Dalam Negeri
Departmen Dalam Negeri (Depdagri) melalui Direktorat Jenderal Pembangunan Daerah (PUOD) bertanggungjawab  atas pengawasan dan monitoring kinerja pemerintah daerah dan pegawainya. Fungsi penting yang kedua dari PUOD adalah manajemen dan dukungan kepada perusahaan daerah air minum.

Departemen Kesehatan
Berkenaan dengan sektor air bersih, Fepartemen Kesehatan (DepKes) bertanggungjawab atas penerbitan persyaratan kualitas air bersih dan air minum. Penyelenggara air bersih wajib mematuhi standar-standar yang dikeluarkan oleh DepKes, dan DepKes mempunyai hak untuk melakukan inspeksi dan pemantauan mengenai air bersih dan air minum yang diproduksi oleh instalasi pengolahan air bersih.

Kementerian Negara Lingkungan Hidup
Kementerian Negara Lingkungan Hidup (MennegLH) menetapkan kebijakan-kebijakan mengenai pengendalian pencemaran air dan isu-isu lingkungan lainnya. MennegLH juga merencanakan pelaksanaan dari program-program lingkungan, dukungan masyarakat di bidang lingkungan, dan melakukan koordinasi kegiatan-kegiatan opersional dari Bappedal (Badan Pengendalian Dampak Lingkungan)lyang dibentuk pada tahun 1990, bertanggungjawab langsung kepada Presidentetapi kegiatan operasinya dikoordinir oleh MennegLH. Bappedal membantu dalam formulasi kebijakan-kebijakan mengenai pelaksanaan pengendalian pencemaran, termasuk pengelolaan zat beracun dan berbahaya. Bappedal juga melakukan kegiatan pemantauan dan pengendalian, bertindak sebagai pusat referensi mengenai pencemaran lingkungan, dan mendorong peran serta masyarakat dalam pengendalian dampak lingkungan.

Departemen Pertambangan dan Energi
Departemen Pertambangan dan Enersi (Deptamben) bertanggungjawab atas eksplorasi dan pengumupulan data mengenai sumbers-umber air tanah dan thermal, juga menerbitkan perijinan eksplorasi melalui Direktorat Lingkungan Geologi.